Koska mahalaukun kavennusleikkaukset ovat suuria ja vaikeita vatsaonteloleikkauksia, on useiden komplikaatioiden synty mahdollista. Normaalipainoisiin potilaisiin verrattuna syntyy ylipainoisille komplikaatioita useammin. Varhaisten komplikaatioiden (30 päivää leikkauksesta) todennäköisyys on keskimäärin 2 – 3 %. Bariatrisista leikkauksista 97 % ei aiheuta komplikaatioita. Kun komplikaatioita ilmenee, on potilaan jäätävä sairaalaan suunniteltua pidemmäksi aikaa. Voidaan myös tarvita kotileikkauksia, verensiirtoja, sekä intensiivi- ja antibakteerista hoitoa. Myöhemmät komplikaatiot saattavat ilmetä koko leikkauksen jälkeisen elämän aikana.